L’être humain attrape en moyenne deux rhumes par année. Certains sont plus virulents, d’autres passent sans que l’on ne s’en rende compte. Ce n’est pas surprenant puisqu’il existe 99 souches différentes du virus. «La création d’une nouvelle souche, le recombinant, provient du croisement entre deux souches différentes. Il y a un échange de matériel génétique entre les deux souches parentales pour créer une nouvelle souche», explique Yohan Bossé, chercheur en génétique au Centre de recherche de l’Institut universitaire de cardiologie et de pneumologie de Québec. «Les virus mutent constamment, ajoute André Darveau, professeur de virologie au Département de biochimie et de microbiologie de l’Université Laval. Les polymérases virales font des erreurs lors de la réplication de leur génome. Les taux de mutation peuvent être de l’ordre de 1 pour 1000. Dans bien des cas, ces virus ne pourront se répliquer, mais dans d’autres cas, les virus produits seront fonctionnels et seront ceux qui pourront échapper au système immunitaire».

Expliquer l’évolution
Pour la communauté scientifique, il était difficile de comprendre les caractéristiques moléculaires et évolutionnaires du rhinovirus humain, plusieurs génomes des différentes souches n’étant pas encore séquencés. Stephen Liggett, de la University of Maryland School of medicine, s’est adonné, avec de nombreux collaborateurs, à l’analyse génétique des rhinovirus de type A, B et C, séparés ainsi selon le récepteur utilisé pour l’entrée dans la cellule.

De nouvelles données
L’examen des génomes a démontré l’existence de séquences spécifiques et d’éléments structuraux de l’ARN qui différentient les types A et B du type C. De plus, certaines séquences particulières de certaines souches de type A suggèrent l’existence d’une quatrième espèce, le type D. Les auteurs ont également identifié des souches parentales qui se sont mélangées, au cours de l’évolution, pour donner naissance à plusieurs nouveaux virus. «Dans l’analyse des séquences, les auteurs ont identifié 23 génomes tirant leur origine de 12 croisements potentiels», souligne André Darveau. Ces nouvelles souches pourraient par exemple provenir du mélange génétique de plusieurs virus lors d’une co-infection et ont des propriétés biologiques et des caractéristiques cliniques distinctes des souches parentes. Outre les différences, les chercheurs ont trouvé des structures de l’ARN communes à tous les génomes analysés et uniques au genre rhinovirus.

Espoir d’un vaccin
Cette étude a permis de caractériser certaines régions spécifiques des génomes et de trouver plusieurs réponses concernant l’évolution du virus responsable du rhume. Ces informations pourraient peut-être amener les scientifiques à concocter un vaccin ou des traitements antiviraux contre le rhume. «Les analyses des séquences vont certainement aider à déterminer les régions conservées entre les souches, ce qui permettra d’établir les bases pour un vaccin potentiel», précise M. Darveau. De plus, chez les enfants, l’infection par le rhinovirus serait une cause de l’exacerbation de l’asthme dans 50% des cas. «Une étude a proposé un lien entre le rhinovirus et l’asthme, indique André Darveau. Il peut y avoir corrélation entre autres avec le sous-type C, mais il faudra attendre de connaitre la prévalence du virus et recouper avec la présence de symptômes d’asthme». Un vaccin pourrait donc être la solution pour éviter plusieurs cas de cette autre maladie respiratoire qui coûte près de 60 G$ chaque année aux États-Unis.